純化水設備使用時間過長會導致管道堵塞，所以要對純化水設備的管道進行定期的清洗。當清洗的不當可能會造成管道的損壞，所以，要按照一定的方法來清洗純化水設備的管道。
①首先，要用純化水設備的產水，也就是純化水，對管道進行清洗。先把一個貯液罐與一臺水泵連接，再和需要清洗的管道連接，形成一個循環通路，在貯液罐中注入將一定數量的常溫純化水，用水泵加以循環，十五分鐘后擰開排水閥，一邊排放一邊循環，可以使用流量計測量。
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②用稀釋過的氫氧化鈉溶劑代替純化水，繼續循環沖洗，循環半個小時。

③用常溫純化水代替氫氧化鈉，再次沖洗。